kuriame faile kas yra skirtumo nera, tik tiek, kad yra rekomenduojamos tam tikros strukturos, kaip ir kur sudeti kam skirta koda, kad butu patogiau ji redaguoti, suprasti ateityje, jei reikes daryti pakeitimus ir kad butu imanoma suvokti kas vyksta, jei sistema issauga. 
o cia bendros rekomendacijos ka toliau nuveikt pagal tai koki koda duodi kaip pvz:
Siaip siulau paskaityti apie php design patterns, net jei neiseis suprasti kas tai yra, tiesiog perskaityti, kad zinotum, kad kazkas tokio egzistuoja. 
http://www.phptherightway.com/pages/Design-Patterns.html
http://code.tutsplus.com/tutorials/the-whens-and-whys-for-php-design-patterns--net-27862
http://code.tutsplus.com/categories/design-patterns
taip pat labai siulau pradeti naudoti koki nors "framework'a" siulau rinktis is: phalconPHP, symfony, zend
https://www.google.lt/webhp?sourceid=chrome-instant&ion=1&espv=2&ie=UTF-8#q=laravel%20vs%20phalcon%20vs%20symfony&qscrl=1
Lietuvoje daug imoniu naudoja symfony, taip pat phalconPHP pleciasi. 
Jei mokesi gerai naudotis kokiu nors "full-stack-framework" (t.y. frameworkai kuriuose yra viskas: mvc, orm, router, acl, forms ir t.t. (gali kiekviena pagooglint atskirai))
turesi 2+ svetaines padarytas su jais, gali jau pretenduoti i darbo vietas, kuriu kaina 3000+ lt i rankas. Aisku daug priklauso nuo tavo sugebejimo save pristatyti.
p.s. jei nori pasikankinti, siulau ismokti vagrant'a susikonfiginti
taip pat perreiti http://pcottle.github.io/learnGitBranching/ ir nuo siol visa savo koda saugoti git'e nemokamas yra: bitbucket.org mokamas (privatiems projektams) https://github.com/
have fun