Geras būdas, dar pakeisti kintamųjų pavadinimus į visiškai neaiškius (arba dar geriau, panaudojant UTF simbolius), su define'ais galima pažaist, labai suklaidinant, o galiausiai dar ir kaip pasiūlė, viską į vieną eilutę suvaryt.
Prieš gerų pusantrų metų, kažkur internete buvo straipsnis, 10 patarimų, kaip padaryti kodą neįskaitomu. Ten aišku buvo labai ironiškas straipsnis

http://fwebde.com/programming/write-unreadable-code/ (kažkas panašaus, bet ne tas)
Obfuskatoriai:
http://www.fopo.com.ar/
http://www.raizlabs.com/software/phpobfuscator/
http://webscripts.softpedia.com/script/PHP-Clases/PHP-Code-Buster-12240.html (siūlyčiau kąnors tokio).